工程物理系目前設(shè)有核技術(shù)及應(yīng)用、技術(shù) 物理、核能科學(xué)與工程管理、安全科學(xué)與技術(shù)、醫(yī)學(xué)物理與工程、近代物理6個研究所。 覆蓋核科學(xué)與技術(shù)、安全科學(xué)與工程、物理學(xué)3個一級學(xué)科，其中，核科學(xué)與技術(shù)一級學(xué)科是清華大學(xué)的傳統(tǒng)優(yōu)勢學(xué)科，2003、2008、2013 年連續(xù)三次在全國一級學(xué)科評估中排名第一，2017 年第四次全國一級學(xué)科評估等級為 A+。

工程物理系堅(jiān)持“理工結(jié)合、又紅又?！钡娜瞬排囵B(yǎng)理念，以培養(yǎng)輸送大批高素質(zhì)、高質(zhì)量、具有國際化視野的核領(lǐng)域卓越人才為目標(biāo)，不斷改革創(chuàng)新人才培養(yǎng)模式，在校生總體保持在1300余人的規(guī)模，其中，本科生600余人，研究生700 余人。工程物理系在編教職工108人，其中具有正高級職稱38人，副高級職稱53人，擁 有一支包括院士以及各類國家級人才支持計劃入選者為代表的高水平師資隊(duì)伍。

工程物理系承擔(dān)和完成了一大批國家重大、重點(diǎn)科研項(xiàng)目，同時積極聯(lián)合企事業(yè)單位開展合作研究。自2004年以來，年度科研經(jīng)費(fèi)均超過億元，近5年來，年度科研經(jīng)費(fèi)均超過2億元。工程物理系取得了一系列重大科技獎勵，近二十年來，工程物理系以第一完成單位榮獲各級各類科技獎勵20余項(xiàng)，包括國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎（創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)）（2013年），國家技術(shù)發(fā)明獎一等獎（2010年），國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎一等獎兩項(xiàng)（2003 年、2010 年）。

工程物理系堅(jiān)持產(chǎn)教融合、服務(wù)國家和 社會發(fā)展戰(zhàn)略，積極探索產(chǎn)學(xué)研一體的技術(shù) 創(chuàng)新體制機(jī)制，在安全檢測技術(shù)、公共安全應(yīng)急技術(shù)、核醫(yī)學(xué)影像技術(shù)方面成功實(shí)現(xiàn)了成果轉(zhuǎn)化。以科技創(chuàng)新引領(lǐng)安全檢測、安全 應(yīng)急新興行業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展，走出了一條新時期“創(chuàng)新報國”的寬廣道路，為保障國家安全、 促進(jìn)國民經(jīng)濟(jì)發(fā)展做出了重大貢獻(xiàn)。