東南大學(xué)交通學(xué)院的前身可追溯到上世紀(jì)二、三十年代的國(guó)立東南大學(xué)交通運(yùn)輸系及國(guó)立中央大學(xué)土木工程系的路工組，50～80年代南京工學(xué)院土木工程系的道路教研組，1987年成立的運(yùn)輸工程研究所，1989年成立的交通運(yùn)輸工程系。

1995年，東南大學(xué)為適應(yīng)當(dāng)時(shí)國(guó)家對(duì)交通建設(shè)人才急切需求的大好形勢(shì)及加強(qiáng)交通運(yùn)輸學(xué)科建設(shè)的需要，在原運(yùn)輸工程研究所、交通運(yùn)輸工程系的基礎(chǔ)上組建成立交通學(xué)院。

2000年4月，原東南大學(xué)與（交通部）原南京交通高等?？茖W(xué)校、（鐵道部）原南京鐵道醫(yī)學(xué)院、（國(guó)土資源部）原南京地質(zhì)學(xué)校合并，成立新東南大學(xué)。其中，原南京交通高等?？茖W(xué)校及原南京地質(zhì)學(xué)校的部分學(xué)科、專業(yè)并入交通學(xué)院，組建成立新交通學(xué)院。

交通學(xué)院包含6大學(xué)科方向、7個(gè)系、38個(gè)科研團(tuán)隊(duì)（中心），形成了以交通運(yùn)輸工程國(guó)家一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科為核心，以交通運(yùn)輸規(guī)劃與管理、道路與鐵道工程2個(gè)國(guó)家二級(jí)重點(diǎn)學(xué)科為龍頭，以交通信息工程及控制、載運(yùn)工具運(yùn)用工程、巖土工程江蘇省重點(diǎn)學(xué)科、橋梁與隧道工程博士點(diǎn)學(xué)科為支撐，交通測(cè)繪與信息技術(shù)、交通安全工程、交通地下工程、港口航道工程學(xué)科為生長(zhǎng)點(diǎn)的學(xué)科布局。以“系+科研團(tuán)隊(duì)（中心）”為核心建立教學(xué)科研管理制度，并建立跨學(xué)科的新型科研團(tuán)隊(duì)（中心），實(shí)現(xiàn)科學(xué)研究、人才培養(yǎng)與社會(huì)服務(wù)的一體化。

交通學(xué)院目前有教職工336人（不含ITS，ITS人事單列），在編教職工237人，人事代理及聘用人員99人。專任教師190人，其中，中國(guó)工程院院士1人、國(guó)家教學(xué)名師2人、國(guó)家高層次人才計(jì)劃15人、國(guó)家青年人才計(jì)劃9人。博士生導(dǎo)師95人，教授72人，副教授81人；有博士學(xué)位的教師164人，有碩士學(xué)位的教師22人。