揚州大學獸醫(yī)學院（比較醫(yī)學研究院）具有悠久的辦學歷史，最早可追朔到1902年由我國愛國實業(yè)家張謇創(chuàng)建的通海農(nóng)學堂，1952年在揚州組建而成蘇北農(nóng)學院畜牧獸醫(yī)系。追溯歷史，已經(jīng)歷了近120年的演變和發(fā)展過程，在揚州辦學也有近70年。1992年，江蘇農(nóng)學院等駐揚7所院校合并成立了揚州大學，該系更名為揚州大學農(nóng)學院畜牧獸醫(yī)系，1994年該系分設成動物科學系和動物醫(yī)學系，1998年揚州大學依據(jù)學科群將動物科學系和動物醫(yī)學系兩系從農(nóng)學院中劃出，組建為揚州大學畜牧獸醫(yī)學院，2003年12月?lián)P州大學進行機構(gòu)改革和院系調(diào)整，將畜牧獸醫(yī)學院分設成動物科學與技術學院和獸醫(yī)學院，揚州大學獸醫(yī)學院正式成立。揚州大學比較醫(yī)學研究院于2016年4月成立，掛靠在揚州大學獸醫(yī)學院。

　　學院現(xiàn)有教職工153人，其中專任教師113人。在專任教師中，有中國工程院院士1人,國家千人1人,國家“杰青”獲得者3人，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選3人，教授41人、副教授33人，博士生導師45人、碩士生導師118人。有1人被評為“全國模范教師”，2人獲“國家級有突出貢獻的中青年專家”稱號，3人享受政府特殊津貼，青年教師中有教育部青年骨干教師、江蘇省“333工程”培養(yǎng)對象、江蘇省特聘教授、江蘇省優(yōu)秀青年骨干教師、江蘇省“青藍工程”學術帶頭人、江蘇省優(yōu)秀青年科技工作者等。

　　學院現(xiàn)有在校生1406人，其中全日制博士研究生154人，全日制碩士研究生540人，在站博士后45名，本科生712人。近年來，畢業(yè)生就業(yè)率均在100％。學院培養(yǎng)的畢業(yè)生分布在全國各地及美國、加拿大、英國、德國、瑞典、荷蘭、愛爾蘭、挪威、澳大利亞、日本、韓國、尼日利亞、孟加拉、坦桑尼亞等國家。多年來，學院為江蘇省乃至全國培養(yǎng)了一大批動物醫(yī)學專業(yè)的高層次專業(yè)技術人才，畢業(yè)生中有中國工程院院士、國家級有突出貢獻的中青年專家、教授、學者，有全國優(yōu)秀教師、先進工作者，有業(yè)績突出的優(yōu)秀中青年企業(yè)家和省、市、縣的黨政領導人，他們在各自的崗位上取得了顯著的成績，成為我國獸醫(yī)行業(yè)的中堅力量。

　　學院現(xiàn)有獸醫(yī)學一級學科博士學位授予權(quán)，設基礎獸醫(yī)學、預防獸醫(yī)學、臨床獸醫(yī)學、獸醫(yī)生物信息學、人獸共患病學、獸醫(yī)公共衛(wèi)生、實驗動物學與比較醫(yī)學等7個二級學科博士學位授權(quán)點，有動物學、微生物學、基礎獸醫(yī)學、預防獸醫(yī)學、臨床獸醫(yī)學、獸醫(yī)公共衛(wèi)生、人獸共患病學、獸醫(yī)生物信息學、實驗動物學與比較醫(yī)學等碩士學位授權(quán)點，有獸醫(yī)博士、獸醫(yī)碩士專業(yè)學位授予權(quán)，并設有獸醫(yī)學博士后流動站。預防獸醫(yī)學為國家、農(nóng)業(yè)部重點學科，獸醫(yī)學為江蘇省重點一級學科（覆蓋基礎獸醫(yī)學、預防獸醫(yī)學、臨床獸醫(yī)學三個二級學科）、江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點、江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程建設學科，微生物學和動物學為揚州大學重點學科。擁有江蘇省產(chǎn)學研聯(lián)合培養(yǎng)研究生示范基地。傳染病學與預防獸醫(yī)學學科被教育部、科技部聯(lián)合表彰為“全國高等學校先進科技集體”，預防獸醫(yī)學學科被人事部、教育部授予“全國教育系統(tǒng)先進集體”榮譽稱號，動物疫病研究創(chuàng)新團隊被評為教育部“長江學者和創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃”創(chuàng)新團隊，預防獸醫(yī)學創(chuàng)新團隊被評為江蘇省“青藍工程”科技創(chuàng)新團隊。學院設有農(nóng)業(yè)部畜禽傳染病學重點開放實驗室、教育部禽類預防醫(yī)學省部共建重點實驗室、江蘇省動物預防醫(yī)學重點實驗室、江蘇省人獸共患病學重點實驗室、教育部新型獸用疫苗工程研究中心、江蘇省轉(zhuǎn)基因動物制藥工程研究中心和江蘇省實驗動物種子供應站。獸醫(yī)藥理及毒理學實驗室被農(nóng)業(yè)部確定為4個全國新獸藥特殊毒性試驗單位之一，學院被農(nóng)業(yè)部確定為飼料和飼料添加劑安全性評價機構(gòu)。2000年基礎實驗室通過省級評估，2001年動物醫(yī)學專業(yè)實驗室也以優(yōu)良成績通過學校的評估。根據(jù)教育部學位與研究生教育發(fā)展中心公布的第四輪學科評估結(jié)果，我院獸醫(yī)學科與華南農(nóng)業(yè)大學并列第三，進入A類；在中國校友會網(wǎng)公布的《中國大學農(nóng)學頂尖專業(yè)排行榜》中，我院動物醫(yī)學專業(yè)入選中國7星級專業(yè)，躋身中國頂尖專業(yè)名單。

　　學院設動物醫(yī)學、動植物檢疫和實驗動物學等三個本科專業(yè)，面向江蘇省及全國多個省市招生。動物醫(yī)學專業(yè)2005年被確定為江蘇省第一批品牌專業(yè)，2007年被教育部確定為全國高等學校特色專業(yè)建設點、獸醫(yī)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)。2009年動物醫(yī)學實驗教學中心被確定為江蘇省實驗教學示范中心建設點并于2012年通過驗收，2012年被確定為江蘇省“十二五”高等學校重點專業(yè)，2014年獲批教育部、農(nóng)業(yè)部卓越農(nóng)林人才培養(yǎng)計劃試點項目（拔尖創(chuàng)新型），2015入選江蘇高校品牌專業(yè)建設工程一期項目。2019年動物醫(yī)學專業(yè)入選國家一流專業(yè)建設點。長期以來，動物醫(yī)學及動植物檢疫專業(yè)以國家級、省級重點學科為依托，建有完整的國家級、省級和校級精品課程體系，擁有一支高水平師資隊伍，取得了一批重要的教學科研成果，《動物傳染病學》、《獸醫(yī)微生物學》兩門課程被評為國家精品課程、國家精品課程共享課，并入選國家一流課程。動物醫(yī)學專業(yè)、獸醫(yī)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)被列為教育部“質(zhì)量工程”建設項目。

　　學院重視科研工作。學院擁有江蘇高校動物重要疫病與人獸共患病防控協(xié)同創(chuàng)新中心。近年來，有100余項成果分獲國家、部、省、廳級獎勵。在世界上率先發(fā)現(xiàn)小鵝瘟、兔瘟等病毒，并研制出疫苗；與中科院共同完成的“轉(zhuǎn)基因山羊體細胞克隆山羊”成果被評為1999年中國基礎科學研究十大新聞之首；“雞傳染性法氏囊病中等毒力活疫苗（NF8株）的研制”成果榮獲國家科技進步二等獎、江蘇省科技進步一等獎；“H9亞型低致病性禽流感疫苗”獲江蘇省科技進步一等獎；重組新城疫病毒（A-Ⅶ株）滅活疫苗獲國家一類新獸藥注冊證書；有3篇博士學位論文被評為全國百篇優(yōu)秀博士學位論文，有多篇學位論文被評為江蘇省優(yōu)秀博士、碩士學位論文、全國獸醫(yī)專業(yè)學位優(yōu)秀碩士學位論文。目前，我院教師承擔了國家863、973、國家自然科學基金、“十三五”國家重點研發(fā)計劃、國家成果重點推廣計劃、中科院創(chuàng)新基金、科技部農(nóng)業(yè)科技成果轉(zhuǎn)化、省自然科學基金、省高技術研究、省應用基礎研究、省“十五”攻關以及橫向合作研究等科研課題，年到賬經(jīng)費約5000萬元。學院畜禽重要疫病流行規(guī)律和防控新技術、動物疫病病原體致病與免疫機理、人獸共患病與食品安全、動物營養(yǎng)代謝病和中毒病防控新技術、動物轉(zhuǎn)基因制藥與比較醫(yī)學等方面形成了特色鮮明的學科研究方向，并與美國、英國、法國、德國、日本、澳大利亞、加拿大等國內(nèi)外高等學校、科研機構(gòu)建立了廣泛的科研合作關系。

　　學院堅持走“產(chǎn)學研”相結(jié)合的道路。學院附設揚州大學動物醫(yī)院、江蘇省實驗動物種子供應站和江蘇省轉(zhuǎn)基因動物制藥工程研究中心等教學、科研及成果轉(zhuǎn)化基地。長期以來，我院始終堅持教學與生產(chǎn)相結(jié)合，理論與實踐相結(jié)合，科研開發(fā)與服務社會相結(jié)合。自已故方定一教授在國際上第一個發(fā)現(xiàn)并分離出“小鵝瘟病毒”（比匈牙利早6年），研制成疫苗在全國推廣應用之后；又先后發(fā)現(xiàn)“兔瘟和鵝副粘病毒病”、“重組新城疫病毒（A-Ⅶ株）滅活疫苗”等，并研制成疫苗在生產(chǎn)實際中推廣使用，取得了很好的社會效益和經(jīng)濟效益。近幾年來學院有多項成果獲得新獸藥證書。

　　多年來，學院以“建一流學科，育一流人才，出一流成果，辦一流學院”為己任，不斷轉(zhuǎn)變教育思想，更新教育觀念，提升辦學層次，提高人才質(zhì)量，為實施“科教興國”戰(zhàn)略，振興祖國的獸醫(yī)事業(yè)，作出了巨大的貢獻。