1985年集美師范?？茖W(xué)校設(shè)立政治教育專業(yè)，培養(yǎng)具備馬克思主義基本理論和思想政治教育專業(yè)知識，并能在黨政機(jī)關(guān)、學(xué)校、企事業(yè)單位從事思想政治工作的專門人才。從1985年至1999年，政治教育專業(yè)（1990年起改稱“政治教育系”）始終堅持正確的辦學(xué)方向和服務(wù)教育發(fā)展、經(jīng)濟(jì)建設(shè)與社會需求的辦學(xué)宗旨，注重實踐能力培養(yǎng)，培養(yǎng)出十四屆近千名學(xué)生（其中1991年未招生），所培養(yǎng)的畢業(yè)生主要服務(wù)于福建省內(nèi)的中等學(xué)校、黨政機(jī)關(guān)、企事業(yè)單位。而今許多畢業(yè)生已成為地方教育單位和黨政機(jī)構(gòu)的重要力量，為地方教育事業(yè)、經(jīng)濟(jì)建設(shè)發(fā)揮著積極作用。

　　1993年集美師范專科學(xué)校更名集美高等師范?？茖W(xué)校，1994年9月集美大學(xué)成立，集美高等師范?？茖W(xué)校并入集美大學(xué)并更名為師范學(xué)院。被并入集美大學(xué)的同時還有集美航海學(xué)院、廈門水產(chǎn)學(xué)院、福建體育學(xué)院、集美財經(jīng)高等?？茖W(xué)校等四所高校，四所高校中，福建體育學(xué)院有獨立的馬列主義教研室機(jī)構(gòu)設(shè)置，集美航海學(xué)院、集美財經(jīng)高等?？茖W(xué)校有獨立的社會科學(xué)部機(jī)構(gòu)設(shè)置，廈門水產(chǎn)學(xué)院有社會科學(xué)部、經(jīng)貿(mào)系系部合一的機(jī)構(gòu)設(shè)置。廈門水產(chǎn)學(xué)院社會科學(xué)部（經(jīng)貿(mào)系）從1993年到1998年培養(yǎng)了六屆學(xué)生，為社會輸送了近三百名經(jīng)濟(jì)人才。1999年10月在集美大學(xué)實現(xiàn)實質(zhì)性合并時，以原師范學(xué)院政治教育系為基礎(chǔ)，結(jié)合集美航海學(xué)院、廈門水產(chǎn)學(xué)院、集美財經(jīng)高等?？茖W(xué)校三所高校的社會科學(xué)部，以及福建體育學(xué)院馬列主義教研室的力量，組建新社會科學(xué)系（部）。新成立的社會科學(xué)系（部）師資實力大增，從2001年起社會科學(xué)系（部）招收社會工作專業(yè)本科生，2003年起招收法律專業(yè)本科生，原設(shè)于航海學(xué)院的法學(xué)專業(yè)（海商法方向）也于2008年整合歸口本單位。

　　2006年社會科學(xué)系（部）辦學(xué)水平再上一個層次，開始招收“馬克思主義中國化研究”專業(yè)研究生，為黨政機(jī)關(guān)、高等院校、科研機(jī)構(gòu)、企事業(yè)單位等相關(guān)部門培養(yǎng)從事教學(xué)、科研、管理和社會服務(wù)工作的高級專門人才。2007年社會科學(xué)系（部）更名政法學(xué)院，成為擁有一個“馬克思主義中國化研究”專業(yè)碩士點，兩個本科專業(yè)，并負(fù)責(zé)全校思想政治理論課教學(xué)的集美大學(xué)二級機(jī)構(gòu)。

　　2014年11月，政法學(xué)院分立為思想政治理論課教研部和法學(xué)院兩個單位，其中社會工作專業(yè)、法學(xué)專業(yè)、法學(xué)專業(yè)（海商法方向）劃歸法學(xué)院。思想政治理論課教研部則專門承擔(dān)全校思想政治理論課的教研工作以及“馬克思主義中國化研究”專業(yè)研究生培養(yǎng)工作?！榜R克思主義中國化研究”專業(yè)有兩個研究方向——社會發(fā)展與文化建設(shè)研究、特區(qū)經(jīng)濟(jì)理論與兩岸關(guān)系研究。社會發(fā)展與文化建設(shè)研究方向主要研究當(dāng)代中國社會發(fā)展和文化建設(shè)的重大理論和現(xiàn)實問題；特區(qū)經(jīng)濟(jì)理論與兩岸關(guān)系研究方向則主要研究改革開放以來的特區(qū)經(jīng)濟(jì)理論實踐、兩岸關(guān)系和祖國統(tǒng)一問題。2015年思想政治理論課教研部又承擔(dān)了學(xué)科教育（思政方向）專業(yè)碩士的培養(yǎng)任務(wù)，招收該方向教育碩士研究生。2021年10月獲得“馬克思主義理論”碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科。

　　2017年4月13日，更名馬克思主義學(xué)院，以適應(yīng)新形勢下立德樹人任務(wù)的需要。目前集美大學(xué)馬克思主義學(xué)院是福建省教育工委確定“福建省重點馬克思主義學(xué)院”，福建省馬克思主義學(xué)院“1+N”建設(shè)引航計劃組團(tuán)負(fù)責(zé)單位，廈門地區(qū)高校思想政治理論課教學(xué)協(xié)作中心主任單位，學(xué)院擁有福建省教育廳人文社科研究基地——陳嘉庚與愛國主義研究中心。馬克思主義學(xué)院下設(shè)馬克思主義基本原理概論、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、中國近現(xiàn)代史綱要、思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)、形勢與政策、陳嘉庚精神、軍事理論等教研室。學(xué)院現(xiàn)有教職工60多人，其中，教授、副教授20多人，有校內(nèi)研究生導(dǎo)師19人，另有校外兼職研究生導(dǎo)師12人。學(xué)院的學(xué)科建設(shè)、課程建設(shè)具有深厚的歷史積淀，目前已形成一支師資結(jié)構(gòu)合理、教學(xué)能力突出、科研實力雄厚的教師隊伍，推出一批影響廣泛的教學(xué)和科研成果，培養(yǎng)一批理論扎實、能力突出的研究生。面向未來，學(xué)院將牢牢把握學(xué)科使命，緊緊圍繞我校建設(shè)“工海”特色更加鮮明的一流大學(xué)的戰(zhàn)略目標(biāo)，努力建設(shè)成為馬克思主義理論教學(xué)、研究和宣傳的重要陣地，為國家和地區(qū)培養(yǎng)更多具有深厚理論基礎(chǔ)、堅定理想信念的馬克思主義理論專業(yè)人才和“工海”等領(lǐng)域人才。